Смена Роли с Мю на Наруто

После неудачного вторжения в Коноху был убит Третий Хокаге, Джирайя решил отыскать нового Хокаге – свою бывшую сокомандницу Цунаде. Он убедил Наруто пойти с ним, поэтому он решает научить Наруто новой технике Четвёртого Хокаге – Расенган, которая сильнее даже Чидори Саске. Но взял Наруто с собой по другой причине – в Коноху наведались Акацуки, которые охотятся за Девятихвостым. Они прибыли в небольшой посёлок, где потом в одном из отелей находят Наруто в одиночестве. Как раз во время к нему на помощь приходит Саске, который решает убить Итачи, но у него ничего не получается. В конце к ним приходит Джирайя и спасает обоих. Так Наруто и его новый учитель продолжают свой путь. Во время пути Джирайя обучает его новой техники Расенган, но она ещё слаба до идеала. Вскоре они находят Цунаде, а она отказывается от титула Хокаге, поэтому Наруто заключает с ней пари, если он выучит технику до конца за неделю, то Цунаде станет Хокаге и отдаст ему своё ожерелье. А если он не сможет, то Наруто должен отдать ей все свои деньги. Итак, начинаются новые тренировки.
В это же время за Цунаде приходят Орочимару и Кабуто. Орочимару просит вылечить ему руки, если она выполнит его просьбу, то он воскресит её брата и жениха. Орочимару даёт ей несколько дней подумать.
Цунаде приходит на назначенное место в срок, но её «лечение» останавливает Кабуто, тогда начинается сражение между Цунаде и Орочимару.
Джирайя, Наруто и её ученица Шизуне так же спешат на помощь, но Джирайя отравлен и не может использовать все свои техники. Наруто приходит на помощь во время, и он останавливает атаки Кабуто своим телом. Цунаде просит его бежать с поля боя, но Узумаки не намерен сдаваться, он блокирует атаку Кабуто и использует свой завершённый Расенган, который забирает все его оставшиеся силы, поэтому Наруто падает без сознания. Цунаде решает спасти Наруто и принимает решение стать Хокаге. Орочимару и Кабуто сбегают с поля боя, Цунаде спасает Наруто от смерти и отдаёт ему своё ожерелье. Теперь Цунаде Пятая Хокаге. Она говорит ему такие слова: «Я знаю, Наруто, ты станешь великим Хокаге!»

Цунаде вылечивает Саске от предыдущей битвы, он лежит в Госпитале. К нему заходят Сакура и Наруто, расспрашивают, как у него здоровье, но Саске больше не тот, он нападает на Наруто, как на врага и намерен убить его. Их битву прерывает Какаши, отправив каждого в баки с водой. Саске счастлив, что его атака сильнее чем у Наруто, но когда он уходит с поля битвы, он видит обратную сторону бака. Его Чидори нанесло меньше ущерба, чем Расенган Наруто. Разозлившись, он принимает решение уйти из деревни к Орочимару, чтобы стать сильнее.
Когда все спали Саске сбегает из деревни вместе с Пятёркой Звука, оглушив Сакуру. Цунаде намерена вернуть Саске назад и посылает небольшую команду, состоящую из Шикомару (капитан), Неджи, Чоджиро, Кибы и Наруто. Каждый член группы оставался позади, задерживая Пятёрку звука. Наруто достался Кимимаро, который чуть не убил Наруто, его спасает Рок Ли, а сам Наруто продолжает следовать за Саске.
Наруто, наконец, догоняет Саске на месте «Долина Завершения». Саске хочет убить Наруто, а Узумаки намерен вернуть своего друга. В конце боя у Саске открывается его проклятая печать, а у Наруто просыпается его демон. Они атаковали друг друга в лоб, но первым вылетает Наруто, Саске не хочет убивать Наруто, он получает новый шаринган и уходит с поля боя. Наруто спасает Какаши. Это была их последняя встреча.

Наруто поставил перед собой цель – вернуть Саске, а для этого он должен быть сильнее своего друга. Узумаки вместе с Джирайей уходят в большое путешествие на 2,5 года, чтобы получить эту силу.

Наруто вместе с Джирайей возвращаются в Коноху. Команда №7 распалась, поэтому Цунаде решает воссоединить всех её членов обратно, поэтому в этот раз проходит новый тест с Какаши-сенсеем и колокольчиками, но уже намного сложнее, так как Какаши использует свой шаринган. Но и Сакура и Наруто всё это время не бездельничали, они усердно тренировались, поэтому, с помощью особой хитрости, побеждают Какаши и забирают у него колокольчики. Новая команда не успевает отпраздновать своё воссоединение, так как новый Кадзекаге Гаара был похищен организацией Акацуки, Цунаде даёт им первое совместное задание – спасти Гаару.
По прибытии в деревню, в команду присоединяется Бабушка Чиё, которая искусно управляет куклами. По пути они встречают Учиху Итачи, который использует свой шаринган, чтобы заманить Наруто в ловушку. Но он оказался двойником. Команда прибывает поздно в логово, так как Гаара уже был мёртв. На помощь к команде Какаши приходит команда Гая, но, когда они снимают печати с входа, они попадают в специальную ловушку, поэтому не могут помочь остальным. Логово открыто, Дейдара забирает тело Гаары и улетает с ним, а Сасори остаётся в логове. Дейдара надеется сразиться с Наруто, но ему всё время мешает Какаши, но мальчик уже вышел из себя, появляется первый хвост лиса, поэтому у Наруто увеличивается скорость. Но они успевают обезвредить Дейдару – Какаши уничтожает его с помощью МШ, поэтому Акацуки теряет свою руку, а Наруто убивает птицу, в клюве которой находилось тело Кадзекаге.
Но в Узумаки снова просыпается лис, и теперь он теряет рассудок и нападает на всех, кто в его поле зрения. Его учитель использует печать, ранее переданную ему от Джирайи, которая запечатывает чакру лиса. Чиё воскрешает Гаару с помощью своей специальной техники, отдавая свою жизнь, и поэтому она умирает. После похорон Наруто пожимает в знак дружбы руку Гааре, и две команды возвращаются в деревню Листа.

После использования МШ Какаши попадает в больницу, поэтому Цунаде даёт команде временного учителя Ямато, а так же нового сокомандника Сая, с которым Наруто уже успел встретиться.
Благодаря Сакуре Коноха узнаёт новую информацию об Орочимару, поэтому новая сформированная команда с командиром Ямато отправляются в пункт назначение, где Сасори должен был встретиться со шпионом. Команда придумывает план и через несколько дней они встречают шпиона.
Шпион оказывается Кабуто, вначале их план работает – Ямато маскируется под куклу Хируко, а остальные сидят в засаде, если бы Кабуто не напал на Ямато. Орочимару рассказывает, что Кабуто уже давно не шпион, и он говорит несколько едких слов Наруто о Саске, из-за чего тот выходит из себя и из него вырывается чакра лиса. При первых трёх хвостах Наруто держит себя, начинается схватка между Орочимару и Джинчурики. Но после разрушения моста, у Наруто появляется 4 хвост, и он просто теряет над собой контроль. Узумаки нападает на всех, его атаки были сильными, поэтому Орочимару измотался и покидает место схватки. Наруто нападает на Сакуру, поняв, что мальчик под контролем Кьюби, он, с помощью Генкая, приводит Наруто в себя, а тот совершенно ничего не помнит.

Сай следует за Орочимару, а в это время клон Ямато следует за Саем, так команда находит убежище Санина, Наруто с Сакурой направляется за ними. Они с лёгкостью попадают в логово и бегут следом за Саем. Сай рассказывает всё о корне АНБУ и о Данзо, поэтому команда связывает своего сокомандника и решают отправиться обратно в Коноху, но на поверхности их ловит Кабуто. Ученик Орочимару развязывает Сая, считая его союзником, но он нападает на Кабуто. Команде приходится разделиться на пары и снова проникнуть в убежище. Наруто слышит взрыв в одной из комнат, там он обнаруживает Саске и Сая, теперь вся команда №7 в сборе. Саске пытается убить Наруто, но Узумаки не сопротивляется, поэтому Учиха с помощью Шарингана проникает ему в душу и видит девятихвостого лиса. Саске наносит финальный удар своему другу, но его останавливает Орочимару, так как Коноха может пригодиться ещё раз. Команда возвращается в Коноху и докладывает всё Хокаге.

В больнице Какаши предлагает создать новую технику, которая превзойдет все другие по силе, но её основой будет Расенган. Наруто начинает свои тренировки со своими учителями – Какаши и Ямато. Узумаки узнаёт, что его стихия ветер, поэтому эта техника будет скрещена с его стихией. Итак, он получает первое задание – разрубить с помощью ветра лист дерева. Он делает тренировки с помощью теневых клонов, которые сокращают время изучения техник. Наруто справляется с первым заданием, после чего ему дают второе – разрубить водопад по полам. Полностью истощив себя несколько раз, Наруто успешно разрезает водопад. Теперь надо было выяснить, совершенен ли Расенган у Наруто, поэтому Какаши показывает ученику и своё умение в этой технике, но у Наруто она была намного сильнее, чем у него, поэтому Какаши обжигает свою руку. Теперь осталось только лишь важная и интересная часть – усовершенствование старого Расенгана и создание нового.
Когда его техника была готова, он вместе с Ямато приходит на помощь к своим друзьям. Наруто побеждает Какудзу готовой техникой – Расенсюрикеном, а Какаши добивает его.
Но техника оставляет следы на Наруто, он попадает в больницу, в Цунаде запрещает ему использовать эту технику.

Джирая возвращается в Коноху и предлагает свои уроки Наруто, поэтому они снова уходят из деревни. Теперь Узумаки должен научиться работать с призывными жабами. Эро-санин призывает жабу Гамарики, но мальчик и жаба не сходятся характером, поэтому Наруто призывает своих старых знакомых – Гамакичи и Гаматацу, с которыми у него начинаются полноценные тренировки. Их скомбинированная техника – Жабья Пушка, но Джирае приходится уходить с тренировок, а Наруто возвращается в Коноху, где продолжает тренироваться, но главная проблема – жабы не умеют владеть стихией воды. Позже на горячих источниках после усердной тренировки Наруто встречает маленького мальчика Юкимару.
Наруто получает известие от Сая, который просит придти на помощь, чтобы найти Орочимару, и Узумаки идёт на миссию. В поисках команды №8 Наруто снова встречает Юкимару, Джинчурики предлагает ему пойти с ним в Коноху, а Юкимару просто убегает. Сам Наруто приходит во время, он освобождает Хинату из ловушки с помощью своей новой техники с жабами, но не может высвободить её из кристалла, но кристалл сам по себе разрушается. Теперь их путь шёл к озеру, куда ещё и прибыли Акацуки за трёххвостым демоном. Кабуто заставляет Юкимару использовать свою уникальную силу, которая будет биджу в озере. Теперь начинается схватка за демона, но Наруто в одиночку отправляется спасать Юкимару от рук Орочимару. Гурен нападает на Наруто, но его находит Какаши и девушка с ребёнком сбегают.
Теперь нужен был новый план по захвату трёххвостого. Медики создают специальный барьер, который охраняют оставшиеся шиноби, но на них своре нападает Гурен, но шиноби отражают успешно её атаки. Но Трёххвостый выходит из себя, ломает барьер и нападает на Гурен, ей на помощь приходит Юкимару, который с помощью силы останавливает демона. Теперь Гурен нападат на демона совместно с Наруто, но они попадают в желудок демона. Они придумывают план спасения, Наруто использует клонов, чтобы вырваться на свободу и им это удаётся. Идёт борьба за Юкимару, он узнаёт, что Гурен убила его родителей, но прощает её, а на помощь Коноховцем приходит Цунаде, которая вызывает слизняка. Кабуто нападает на Наруто и Гурен, но девушка запечатывает себя вместе с подчиненным Кабуто в кристалл ради Юкимару. Трёххвостого снова не удаётся запечатать, он нападает на всех шиноби, а Наруто останавливает его атаку своей новой техникой – Огненный Заряд Жабьего Масла, из-за этого демон уходит под воду. Команды возвращаются в Коноху с проваленной миссией.

После известия о том, что Саске убил Орочимару, команда Какаши решает снова найти Саске. Зная, что он собирается убить своего старшего брата, команда объединяется с другой командой №8, чтобы найти одного из братьев Учиха. Но первым они находят Кабуто, телом которого уже завладел Орочимару, он отдаёт Наруто книгу, содержащую некоторую информацию об Акацуки.
После перегруппировки Киба берёт след Саске, а Наруто использует Каге Буншин для более быстрого поиска. Но один из клонов натыкается на другого Учиху – Итачи. Итачи отражал все атаки Наруто, Итачи не хотел драки, он хотел лишь поговорить с Узумаки. Он ловит его в своё гендзюцу, и после небольшого разговора он запечатал свою силу в теле Наруто в виде чёрного ворона. Итачи исчезает, а Наруто продолжает свои поиски друга.
Но опять команду перехватывает Учиха, но теперь Мадара. Не смотря на общие усилия, ни одна из атак не попала по телу Тоби. Тоби сообщает им, что Саске, наверное, уже убил брата Итачи. Команда теряет след Учих, и им приходится возвращаться в деревню ни с чем.

Когда Наруто вернулся в Коноху, он узнал, что его учитель Джирайя умер в битве с лидером Акацуки – Пейном. Узумаки во всём винил Цунаде, он весь день скорбил о потере своего учителя, ведь он мечтал, чтобы Эро-санин находился вместе с Наруто, когда бы он стал Хокаге. Его находят Ирука и Шикомару и, успокоив его, они вместе начинают разгадывать оставленный код на спине жабы. Наруто решается на новые тренировки, он хочет научиться Сенджуцу Жаб, чтобы доказать Джирайи, что он всё ещё нужен Наруто.
Чтобы научится Режиму Мудреца, Наруто надо было научится смешивать свою чакру с природной, а чтобы ускорить тренировку, он создал несколько теневых клонов. Он быстро учился и достиг совершенства в этой технике, а Джирая не мог этого сделать при жизни. Так как входить в Режим Мудреца невозможно во время битвы, Фукасаку пытался слиться с Наруто, чтобы тот смог очень быстро накопить природную чакру. Но Девятихвостый всё время мешал им это сделать. Наруто пришлось искать альтернативу, его природная чакра теперь хранилась в теневых клонах у жаб, а Наруто имел свиток призыва с Горы, откуда он и мог их призывать во время боя.
В Коноху пришли новости о вторжении Пейна на деревню, Наруто был готов к новой атаке.

Наруто вместе со всеми жабами уже были готовы к битве с надвигающейся угрозой. Наруто не сразу узнал Коноху – она была похожа на огромный кратер, а впереди лишь виднелась гора Хокаге – единственное сооружение оставшиеся после вторжения Пейна. Узумаки необходимо теперь остановить Пейна, пока он не дошёл до мирных жителей и Хокаге. С помощью Режима Мудреца он чувствует чакру всех шиноби, кроме Какаши Хатаке, ему кто-то сообщает, что он мёртв, но Наруто не верит и спешит к Хокаге, чтобы узнать о сенсее. Но путь в самом начале ему преграждает рыжеволосая девушка Пейна, которая призывает нескольких животных. Но Наруто побеждает её с помощью Гамабунты, который проглатывает её, и усовершенствованной техникой Расенган Сюрикеном.
Так же он впервые использует своих оставшихся клонов для получения необходимой для режима чакры. На пути Наруто попадаются ещё одни тела Пейна, которые как раз таки и разыскивали девятихвостого лиса. Когда несколько тел было повержено, а так же был убит Фукасаку, тогда один из оставшихся тел – Путь Дева – рассказал Наруто о плане «Мира во всём Мире». Он рассказывает и о сражении Джирайи, а так же просит ещё одно решение проблемы войн, но Наруто не успевает что-нибудь сказать – ему на помощь прибегает Хината. Он просит её не вмешиваться, но она признаётся ему в любви и нападает на Пейна. Наруто почувствовал, что она умирает и в нём просыпается девятихвостый демон лис.
Наруто впервые трансформируется в шестихвостого лиса, и на это реагирует его ожерелье, которое пытается запечатать чакру хвостатого обратно. Но Лис разрушает ожерелье и нападает на Пейна. Пейну приходится отступить назад, чтобы использовать свои сильнейшие атаки. Но, благодаря мыслям и переживаниям Наруто, Лис теряет над собой контроль и нападает лишь на тех, кто мешает Наруто. Но в битву подсознательно вмешивается отец Наруто – Четвёртый Хокаге Минато Намикадзе.

Снаружи Наруто уже вышел из под влияния Лиса и вошёл обратно в Режим Мудреца. Он столкнулся в последний раз с Пейном, создав Расен Сюрикен и в нужный момент атаковав Пейна. Все шесть тел были повержены. Но Наруто хотел ответить на вопрос поставленный Пейном. Узумаки вытащил приёмник из тела и, с помощью Режима, начал искать его логово. Теперь он был готов ответить и перед Пейном (Нагато) и перед своим отцом – что такое мир? Наруто признался, что он ненавидел Нагато, но он себя сдерживал, чтобы узнать всё о Джирае. Их мысли о мире разошлись, когда Нагато рассказал о своём прошлом. Но, хоть Наруто не любил ни Конан, ни Нагато, он не хотел их убивать. Наруто дал свой ответ на вопрос, что же всё-таки такое мир? Поражённый ответом Нагато начал верить Наруто, и взамен на свою жизнь он оживил всех умерших в этой битве шиноби. Наруто помог Конан похоронить Нагато и его друга Яхико в Амегакуре. На прощанье Конан подарила бумажный букет, Наруто отнёс его на могилу Джирайи.

Наруто находит Какаши и относит его в Коноху. Его встречала вся деревня, его называют героем. Но он узнаёт, что Цунаде лежит в коме, и деревня, пока что, находится без своего правителя. Сакура пыталась его успокоить, но это было бесполезно, так как Наруто узнаёт, что шестым Хокаге становится Шимура Данзо, а так же, что Саске должен быть уничтожен. Наруто и Сакура сначала просят Сая рассказать о своём начальнике, но тот так и молчал. Их разговор услышали двое шиноби из Кумогакуре, которые напали на команду и начали расспрашивать о Саске и Акацуки. Им нужна была любая информация, чтобы убить его. Но Наруто не хочет ничего говорить, и они его сильно избивают.
Наруто быстро восстанавливает свои силы и просит Какаши и Ямато отвезти его в страну Железа, чтобы поговорить с Райкаге о Саске. Они соглашаются с просьбой, но когда они прибыли и поговорили с Райкаге, тот начал осуждать Узумаки и так же начал избивать его. Его останавливает Какаши, и разочарованный в жизни, Наруто, идёт в соседний трактир, где и встречает Мадару. Учиха хотел получить лишь один ответ, почему Нагато изменил своё решение? Но Наруто ответил вопросом на вопрос, он хотел узнать побольше о Саске, и Мадара рассказал ему всё от начала истории Конохи до ухода Саске из деревни. Но Мадара ответил так же, что Саске больше никогда не вернётся в деревню и то, что Наруто надо готовиться к битве со своим старым другом.
Наруто опять начал тренироваться, теперь он хотел улучшить свои сенсорные способности в Режиме, чтобы найти, наконец, Саске. Но Сакура прервала его тренировку, придя в Страну Железа. Она ему соврала, что любит и ждёт его, чтобы он быстрее вернулся в Коноху и перестал искать бывшего сокомандника. Но Наруто не отказывался от своих слов, он понял, что всё ранее сказанное – лож, а Саске вернуть он хочет для своих намерений. Сакура сообщила всем, что уходит обратно в Коноху.

Но Сай смог оставить своего клона, который рассказывает все планы Сакуры Наруто и Какаши. Так же вскоре появляется Гаара, он сообщает, что Каге приняли решение сделать Какаши следующим Хокаге после Данзо, что Мадара начал Четвёртую Мировую Войну, а так же, что Наруто будет под защитой всего альянса. Когда Гаара ушёл, Наруто пошёл дальше тренироваться Режиму Мудреца и вскоре уснул.
Проснувшись, он заметил, что Какаши ушёл остановить Сакуру, а за ним следит Ямато. Узумаки придумал хитрый план, оставив со спящим Ямато своего клона, а сам отправился за чакрой Какаши с помощью Режима.
Наруто приходит вовремя, как раз Саске собирался убить Сакуру. Он легко ранит Наруто с помощью отравленного куная Сакуры в щёку. Узумаки делает последнюю попытку вытащить Саске из глубины тьмы, где потерялся Учиха. Но Саске уже принял решение уничтожить Коноху, и начинается битва. Какаши попробовал остановить Наруто, но тот напал на Саске в лоб с помощью Расенгана, а его друг – с помощью Чидори. Но на помощь Саске приходят Мадара и Зецу, а Саске слепнет и теряет силу своего Шарингана. Наруто в разговоре с другом отметил, что они уже выросли и стали первоклассными шиноби, а так же вспомнил разговор в прежней битве. Саске тогда сказал, что шиноби могут прочесть мысли друг друга лишь коснувшись друг друга кулаками, что и произошло в этой битве. Саске обещает убить Наруто первым, и Акацуки исчезают с поля боя. Команда Какаши встречает сначала Ямато, который жалуется на Наруто, а потом и Сая, который сообщает, что Данзо умер. Они находят Карин и забирают её в качестве пленника, Какаши вызывает псов и рассылает по деревням планы битвы и информацию об Учихах.